二者都是采取全日制攻读的方式，其区别主要有两点：
    培养目标不同。专业学位是培养在某一专业（或职业）领域具有坚实的基础理论和宽广的专业知识，具有较强的解决实际问题的能力，能够承担专业技术或管理工作，具有良好职业素养的高层次应用型专门人才。学术性学位硕士研究生则主要是培养学术研究人才。
      培养方式不同。专业学位课程设置以实际应用为导向，以职业需求为目标，以综合素养和应用知识与能力的提高为核心。教学内容强调理论性与应用性课程的有机结合，突出案例分析和实践研究；教学过程重视运用团队学习、案例分析、现场研究、模拟训练等方法；注重培养学生研究实践问题的意识和能力。在具体的学习过程中，要求有为期至少半年（应届本科毕业生实践教学时间原则上不少于1年）的实践环节。而学术学位研究生的课程设置侧重于加强基础理论的学习，重点培养学生从事科学研究创新工作的能力和素质。

附： 

在全国硕士研究生统一入学考试中，涉及“会计”字样的报考专业共有两种。一种是学术型硕士中，在管理学门类下设的工商管理一级学科，专业代码为120300；另一种是专业学位硕士中的会计专业学位，简称“会计硕士”，英文缩写“MPAcc”，专业代码为125300。

全日制专业学位硕士研究生与学术型研究生属同一层次的不同类型。专业学位(professional degree)是我国研究生教育的一种形式,是相对于学术型学位(academic degree)而言的学位类型。根据国务院学位委员会的定位，其目的是培养具有扎实理论基础，并适应行业或职业实际工作需要的应用型高层次专门人才。

具体到会计学而言，会计硕士属于专业学位硕士;会计学硕士属于学术型硕士。两者培养目标和培养方式有所不同，后者以培养具备科研能力的人为主 ， 会计专硕简称MPAcc， 培养目的是系统掌握现代会计理论与实务以及相关领域的知识和技能，具备会计工作领导能力的高素质会计人才。　　

会计专业硕士与会计学硕士，各有侧重，其招生办法、教育内容、培养模式、质量标准等需要突出职业要求，注重学术性与职业性的紧密结合。